Возможность трансформации химических соединений зависит от энергии излучения, длины волны и исходного качества воды. В общем случае УФ излучение, генерируемое лампами среднего давления, иногда может приводить к увеличению количества нитритов, ассимилируемого органического углерода и образованию побочных продуктов, влияющих на токсичность и мутагенность воды. В связи с этим нормативными документами Австрии и Германии (ONORM, DVGW) не допускается применение для обработки питьевой воды УФ излучения с длинами волн ниже 240 нм.

В то же время анализ большого количества исследований, показывает, что УФ облучение лампами низкого давления на длине волны 254 нм не приводит к формированию побочных продуктов и изменению канцерогенности, мутагенности и токсичности воды.

В 1995 году американской ассоциацией работников водного хозяйства (AWWA) были опубликованы результаты исследования токсикологической безопасности питьевой воды, обеззараженной УФ облучением. Похожее исследование было проведено и в Австрии, где УФ обеззараживание традиционно давно применяется для обработки подземной воды. Австрийские исследователи проводили оценку безопасности воды тремя разными методами биологического тестирования до и после обработки воды дозой 800 Дж/м2 (80 мДж/см2), генерируемой лампами низкого давления. Оба исследования показали, что обработка воды монохроматическим УФ облучением (254 нм) не приводит к изменению мутагенности или канцерогенности.

Исследования, проведенные НПО «ЛИТ», ГУП «Водоканал Санкт-Петербурга» и ГУП «ЦИКВ» на водопроводной станции г. Санкт-Петербург, подтверждают данные зарубежных публикаций. На станции применяется УФ оборудование «ЛИТ» для финишного обеззараживания очищенной и хлорированной воды. Оценка безопасности обработки воды УФ излучением проводилась в разные периоды на основе сравнения проб воды до и после УФ обработки по группам органических веществ, определяемым хромато-масс-спектрометрией, хлорорганическим веществам и токсичности воды, определяемой биотестами. По всем этим показателям было продемонстрировано отсутствие влияния УФ облучения.

Таким образом, обеззараживание воды ультрафиолетом является безопасным процессом, не сопровождающимся образованием побочных продуктов.